オンライン申請用の総合ソフトにおいて電子署名ができなくなるという不具合が発生した場合の対処法については登記供託オンライン申請システムのホームページにアップされています。
☆申請用総合ソフトにおいて電子署名ができない事象等の解消方法
http://www.touki-kyoutaku-online.moj.go.jp/information/info_201604.html
オンライン申請で利用するPCが32ビットか64ビットか確認した上で、こちらのページでREGファイルをダウンロードして実行し、再起動すれば作業完了です。32ビットか64ビットかは、デスクトップ画面の「マイコンピュータ」を右クリックし、一番下にある「プロパティ」をクリックすれば確認することができます。