先日、（根）抵当権移転の場合に登録免許税法第１３条第２項の適用があるとの話がありました。ワシは初耳だったので、根拠を調べてみました。
☆昭和４３年２月１５日法務省民事甲第３１３号
〇共同担保の抵当権等の移転の登記の取扱い
１．同一の登記所に同時に申請された場合
同一の債権を担保するために、数個の不動産等に関する権利（法第11条参照）を目的として設定された抵当権その他の担保権（以下「担保権」という。）の移転の登記の申請が、同一の登記所に同時になされた場合は、これを一の登記申請とみなして、債権額にその目的となっている権利の種類の別により法別表第１に掲げる税率を乗じて得た登録免許税を徴収する（ただし、当該目的となっている権利の種類の別により税率が異なるときは、その最も低い税率を乗ずる。）。
この場合における申請書の課税標準価額、登録免許税額等の記載の方法については、改正後の不動産登記法施行細則（昭４２法務省令第４０号。以下「細則」という。）第３８条第２項から第４項までに定めるところによる。
２．１又は２以上の登記所に時を異にして申請された場合
イ １に掲げる登記の申請が時を異にして同一の登記所にされた場合には、その申請が最初の申請以外のものであることを証する書面（前登記証明書）が添付されているときに限り、担保権の目的となっている不動産等に関する権利の数１個につき５００円〔現行＝１，５００円〕の登録免許税を徴収する（法第１３条第２項参照）。
ロ イに掲げる登記の申請が時を異にして２以上の登記所に申請された場合には、その申請が最初の申請以外のものであることを証する書面が添付されている場合に限り、イと同様とする。
これらの場合におけるその申請が最初の申請以外のものであることの証明書（登記証明書を含む。）については、民事局長通達（昭和４２年７月２２日民事甲第２１２１号。以下「基本通達」という。）第一、一の（六）に定められたところによる。
