平成２８年４月１日以降に発生した自然災害により被害を受けた方が、被災した建物を建替えた場合や代替建物及び代替地を取得した場合、災害の発生した日から５年を経過する日までに必要な登記をすれば登録免許税が非課税になります。具体的には以下のケースの場合です。
Ａ．被災した建物を新築した場合における所有権保存登記
Ｂ．代替地及び代替建物を取得した場合における所有権移転登記
Ｃ．上記Ａ及びＢと同時に申請する抵当権設定登記
この場合、下記の要件をクリアする必要がなります。
１．建物の場合
〇被災代替建物が被災者生活再建支援法の適用区域内にある場合：滅失建物等にかかる「り災証明書」が必要。
〇被災代替建物が被災者生活再建支援法の適用区域外にある場合
Ａ．個人が新築または取得した住宅用建物の場合：滅失建物等にかかる「り災証明書」が必要。
Ｂ．個人が新築または取得した住宅用建物以外の場合
・滅失建物等にかかる「り災証明書」が必要。
・被災代替建物であることにつき、建物被災者等が行う事業のうち主たるものを所管する主務大臣の証明書が必要。
２．土地の場合
免除対象となる土地の面積は、次のイまたはロのいずれか大きい面積が限度となります。
Ａ．滅失建物等の敷地の用に供されていた土地の面積
Ｂ．被災代替建物の種類に応じて計算した次の面積
・個人が再取得する住宅用の建物：滅失建物等の床面積の合計の２倍の面積
・住宅以外の建物：滅失建物等の床面積の合計の６倍の面積
なお、区分所有建物の場合は、専有部分の床面積（共用部分がある場合は、これを共用すべき区分所有者のそれぞれの専有部分の床面積の割合によりその共用部分の床面積を按分して計算した面積を含みます。）によります。
また、免除措置の適用を受けるためには、登記申請の際に下記の書類が必要です。
Ａ．被災代替建物の敷地の用に供される土地
・「滅失建物等の床面積の合計」又は「その滅失建物等の敷地の用に供されていた土地の面積」を明らかにする書類
Ｂ．被災代替建物の敷地の用に供されると見込まれる土地
・「滅失建物等の床面積の合計」又は「その滅失建物等の敷地の用に供されていた土地の面積」を明らかにする書類
・滅失建物等の「り災証明書」
・被災代替建物の敷地の用に供されると見込まれる土地であることを明らかにする書類
Ｃ．被災代替建物の敷地の用に既に供されている土地
・「滅失建物等の床面積の合計」または「その滅失建物等の敷地の用に供されていた土地の面積」を明らかにする書類
・滅失建物等の「り災証明書」
・被災代替建物の敷地の用に既に供されている土地であることを明らかにする書類
・被災代替建物が支援法適用区域外に所在し、かつ、個人が再取得をした住宅用の建物以外の建物である場合は、その被災代替建物につき免除措置の適用を受ける際に交付を受けた主務大臣の証明書の写し
