ワシはまだやったことはありませんが、QRコード付書面申請書による申請の流れはこのような感じになります。
1.申請用総合ソフトにより申請書作成
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2.申請データ送信(登記申請日の20開庁日前まで)
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3.提出番号が送信されてくる
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4.QRコードを生成
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5.QRコード付書面申請書を印刷
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6.登記申請日に管轄法務局の窓口に添付書類と一緒に提出
このやり方だと、登記申請日の20開庁日前に登記申請データを送信しておき、登記申請日にQRコード付書面申請書と添付書類を提出すれば登記申請日をもって受付がされることになります。また、不動産登記の場合は登記原因証明情報をPDF化して送信する必要がないのがオンライン申請とは異なる点です。
内藤先生のブログにありましたが、申請日前に登記申請データを送信しておくことができるのがメリットになるようです。さて、不動産登記において改製不適合物件のためコンピュータ化されていない土地の所有権移転登記などを申請する際にもこのやり方は可能でしょうか。この点については触れられてませんが、登記簿がブック式だからダメでしょうね、多分。