登記所への印鑑提出義務がなくなりましたが、書面による本人申請の場合は登記所への印鑑提出が必要ですし、代理人申請の場合は書面申請でもオンライン申請であっても代理権限証書(委任状)を書面で提出する場合は、今までどおり登記所に提出した印鑑を委任状に押印する必要があります。よって、実務上、大きな影響はなさそうです。
なお、登記所への印鑑届出をしている者がいない会社の代表者が辞任する場合、辞任を証する書面には、必ず当該代表者の「個人の実印」を押印の上「個人の印鑑証明書」を添付する必要があります。
これは、登記所に印鑑を提出している者がいない場合、当該会社の全ての代表者につき、商業登記規則第61条第8項の適用があるものとされたことによります。